Istnieją dwie możliwości instalowania aplikacji spoza oficjalnego repozytorium - overlay oraz konkretne ebuildy. Overlay to po prostu repozytorium ebuildów (plików, które zawierają instrukcję jak zbudować daną aplikację). Druga opcja to umieszczenie konkretnego ebuilda w odpowiednim katalogu. O tym poniżej.
Pierwszym krokiem jest przygotowanie ścieżki do lokalnego drzewa ebuildów, dalej zwanego LOCAL_PORTAGE_TREE. Następnie informację o tym należy umieścić w pliku /etc/portage/make.conf, wpis PORTDIR_OVERLAY="LOCAL_PORTAGE_TREE".
Po tych krokach możemy zająć się już konkretnym ebuildem. Umieszczamy go w katalogu LOCAL_PORTAGE_TREE/category/application/name.ebuild (np. /usr/local/portage/app-text/myApp/myApp-0.1.ebuild). Ostatnim krokiem jest utworzenie pliku manifestu komendą "ebuild name.ebuild manifest".
W tym momencie, jeżeli po drodze nie wystąpiły problemy, aplikacja powinna być do instalacji przy pomocy standardowego polecenia (np. "emerge -av category/application").